Memeriksa permohonan peninjauan kembali perkara pajak telah memutuskan sebagai berikut dalam perkara:

DIREKTUR JENDERAL PAJAK, beralamat di Jalan Jenderal Gatot Subroto No.40-42, Jakarta 12190, dalam hal ini memberikan kuasa kepada :

1. ABC, Direktur Keberatan dan Banding, Direktorat Jenderal Pajak ;
2. DEF, Kasubdit Peninjauan Kembali dan Evaluasi, Direktorat Keberatan dan Banding,
3. GHI, Kepala Seksi Peninjauan Kembali, Subdit Peninjauan Kembali dan Evaluasi, Direktorat Keberatan dan Banding,
4. JKL, Penelaah Keberatan, Subdit Peninjauan Kembali dan Evaluasi, Direktorat Keberatan dan Banding,

berdasarkan Surat Kuasa Khusus Nomor SKU-1553/PJ/2012, tanggal 11 Oktober 2012,


PT XXX, beralamat di Jalan DDD No.YY, Gegerkalong, Kota Bandung,


Membaca surat-surat yang bersangkutan;
Menimbang, bahwa dari surat-surat yang bersangkutan ternyata Pemohon Peninjauan Kembali dahulu sebagai Terbanding, telah mengajukan permohonan peninjauan kembali terhadap Putusan Pengadilan Pajak Nomor Put-38993/PP/M.XIII/15/2012, tanggal 28 Juni 2012 yang telah berkekuatan hukum tetap, dalam perkaranya melawan Termohon Peninjauan Kembali dahulu sebagai Pemohon Banding, dengan posita perkara sebagai berikut:

KETENTUAN FORMAL BANDING :
Bahwa sesuai dengan Pasal 35 ayat (1) dan (2) Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 menyebutkan bahwa :

• Bahwa Banding diajukan dengan Surat Banding dalam Bahasa Indonesia kepada Pengadilan Pajak;
• Bahwa Banding diajukan dalam jangka waktu 3 (tiga) bulan sejak tanggal diterima keputusan yang dibanding, kecuali diatur lain dalam peraturan Perundang-undangan perpajakan;
• Bahwa sesuai dengan Pasal 36 ayat (1), (2), (3), dan (4) Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 menyebutkan bahwa:
• Terhadap 1 (satu) keputusan diajukan 1 (satu) Surat Banding;
• Bahwa Banding diajukan dengan disertai alasan-alasan yang jelas, dan dicantumkan tanggal diterima surat keputusan yang dibanding;
• Pada Surat Banding dilampirkan salinan Keputusan yang dibanding (dalam lampiran);
• Selain dari persyaratan sebagaimana dimaksud dalam ayat (1), ayat (2), dan ayat (3) serta Pasal 35, dalam hal Banding diajukan terhadap besarnya jumlah pajak yang terutang, Banding hanya dapat diajukan apabila jumlah yang terutang yang dimaksud telah dibayar sebesar 50 % (lima puluh persen);
• Sesuai dengan Pasal 37 ayat (1) bahwa banding hanya dapat diajukan oleh pengurus yaitu Direksi;

KRONOLOGIS DAN DASAR KOREKSI TERBANDING :
Bahwa perhitungan Pajak Penghasilan Badan yang terhutang berdasarkan Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Pajak Penghasilan Badan yang diterbitkan tanggal 28 Januari 2010 oleh Kantor Pelayanan Pajak Pratama Bandung Bojonagara berdasarkan hasil Pemeriksaan pajak yang dilakukan oleh Kantor Pelayanan Pajak Pratama Bandung Bojonagara adalah sebagai berikut :


Bahwa Pemohon Banding telah mengirimkan surat perihal Permintaan Dasar dan Sumber Koreksi Pemeriksaan Tahun Pajak 2006 dengan Surat Nomor 02/DEU/PJK BJN/II/2010 tanggal 16 Februari 2010, Pemohon Banding telah mendapatkan surat tanggapan atas surat tersebut di atas dari Kantor Pelayanan Pajak Pratama Bandung Bojonagara Nomor S-05/WPJ.09/ KP.0100/2010 tanggal 23 Februari 2010 yang menyatakan bahwa penjelasan terperinci atas dasar dan sumber dilakukannya koreksi atas Pemeriksaan Pajak tahun pajak 2006 dapat dilihat dengan jelas dan terperinci dalam lampiran Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan Nomor PHP-06/WPJ.09/KP.0105/2010 tanggal 15 Januari 2010 ;

Bahwa selanjutnya Pemohon Banding telah mengajukan permohonan keberatan atas Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Pajak Penghasilan Badan untuk Tahun Pajak 2006 Nomor 00027/206/06/428/10 melalui Surat Permohonan Nomor 05/DEU/PJKBJN/II/2010 tanggal 8 Maret 2010 yang disampaikan langsung ke Kantor Pelayanan Pajak Pratama Bandung Bojonagara pada tanggal 10 Maret 2010 dimana atas permohonan keberatan tersebut Pemohon Banding tidak setuju atas koreksi yang dilakukan oleh Terbanding;

Bahwa menanggapi Surat Keberatan Pemohon Banding pada tanggal 29 Maret 2011 Terbanding menerbitkan Keputusan Nomor KEP-583/WPJ.09/BD.06/2011 tanggal 29 Maret 2011 yang isinya menolak Permohonan Keberatan Pemohon Banding dengan rincian sebagai berikut :


Bahwa Pemohon Banding telah meminta Penjelasan Tertulis Dasar Keputusan Keberatan kepada Terbanding dengan Surat Nomor 001/DEU-PJK/IV/2011 Tanggal 12 April 2011 dan Nomor 002/DEU-PJK/IV/2011 tanggal 12 April 2011 dan telah ditanggapi oleh Kepala Bidang PKB dengan Surat Nomor S-463/WPJ.09/BD.06/2011 tanggal 28 April 2011 yang menyatakan bahwa :

Bahwa data penjualan batu bara sebanyak 65.150 ton adalah merupakan rekapitulasi penjualan batu bara dari pemeriksaan terhadap data penjualan yang diberikan oleh Pemohon Banding sendiri, sehingga alasan Pemohon Banding bahwa jumlah koreksi penjualan sebanyak 7.753 ton adalah merupakan barang titipan (milik orang lain) menjadi tidak sesuai;

Bahwa data pembelian batu bara sebesar Rp 8.634.457.288,00 adalah merupakan rekapitulasi pembelian batu bara dari pemeriksaan terhadap data buku pembelian batu bara yang diberikan oleh Pemohon Banding sendiri, sehingga alasan Pemohon Banding bahwa jumlah sebesar Rp 105.041.500,00 adalah merupakan pembelian batu bara menjadi tidak sesuai;

Bahwa data biaya langsung sebesar Rp 5.548.024.167,00 adalah merupakan rekapitulasi biaya langsung dari pemeriksaan terhadap data buku besar biaya yang diberikan oleh Pemohon Banding sendiri, sehingga alasan Pemohon Banding bahwa atas koreksi pemeriksa sebesar Rp 1.143.158.957,00 dimana sebesar Rp1.039.649.669,00 diantaranya yang dianggap Pemohon Banding sebagai biaya tongkang menjadi tidak sesuai;

Bahwa berdasarkan Pasal 26A ayat (4) Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1983 tentang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan sebagaimana telah beberapakali diubah terakhir dengan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2009, diatur bahwa "Wajib Pajak yang mengungkapkan pembukuan, catatan, data, informasi, atau keterangan lain dalam proses keberatan yang tidak diberikan pada saat pemeriksaan, selain data dan informasi yang pada seat pemeriksaan belum diperoleh Wajib Pajak dari pihak ketiga, pembukuan, catatan, data, informasi, atau keterapgan lain dimaksud tidak dipertimbangkan dalam penyelesaian keberatannya;

Bahwa atas koreksi objek Pajak Penghasilan Pasal 23 sebesar Rp3.657.318.590,00 yang menurut Pemohon Banding merupakan ongkos bongkar muat dan pengiriman batu bara, berdasarkan hasil penelitian adalah merupakan sewa dan penghasilan lain sehubungan dengan penggunaan harta khusus kendaraan angkutan darat, sehingga merupakan Pajak Penghasilan Pasal 23 sesuai dengan Pasal 2 huruf a dan lampiran I angka 1 Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-170/PJ./2002 tanggal 28 Maret 2002 tentang Jenis Jasa Lain dan Perkiraan Penghasilan Netto sebagaimana dimaksud Pasal 23 ayat (1) huruf c Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1983 tentang Pajak Penghasilan sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2000;

PERMOHONAN BANDING :
Bahwa Pemohon Banding mengajukan banding atas Keputusan Terbanding Nomor: KEP-583/WPJ.09/BD.06/2011 tanggal 29 Maret 2011 dengan alasan sebagai berikut :
Peredaran Usaha :

Bahwa menurut Terbanding terdapat koreksi positif sebesar Rp2.531.933.929,00, jumlah ini menurut Terbanding berasal dari perhitungan arus barang berdasarkan Kartu Stock (Stock Level) yang jumlahnya mencapai 7.753 mt dikalikan dengan harga jual rata-rata per ton Rp 326.564,00, (sumber : Dasar Koreksi Lampiran PHP-06/WPJ.09/KP.0105/RIKSIS/2010);

Bahwa Pemohon Banding tidak setuju dengan koreksi tersebut karena temuan jumlah tonase yang dikemukakan oleh Terbanding berdasarkan arus barang dan kartu stock secara faktual memang ada, akan tetapi transaksi tersebut bukan milik Pemohon Banding, transaksi tersebut merupakan barang titipan (milik orang lain) yang berada di Stokpile Pemohon Banding di Palimanan-Cirebon, dan telah diperhitungkan dalam bentuk pendapatan sewa stokpile sebesar Rp 43.644.410,00 (empat puluh tiga juta enam ratus empat puluh empat ribu empat ratus sepuluh Rupiah) yang telah dibukukan oleh Pemohon Banding sebagai "Hasil Persewaan Area Stockpile" pada Laporan Laba Rugi Tahun 2006;

Bahwa barang titipan tersebut menyewa stokpile Pemohon Banding dengan rincian sebagai berikut :


Bahwa pada saat dilakukan pemeriksaan, Pemohon Banding telah memberikan Kartu Stok Batubara pada Stokpile Pemohon Banding di Palimanan-Cirebon kepada Pemeriksa Kantor Pelayanan Pajak Pratama Bandung Bojonagara yang berisi seluruh batubara termasuk batubara titipan, akan tetapi pada saat penghitungan jumlah batubara, Terbanding tidak memisahkan antara stok batubara titipan dengan batubara milik Pemohon Banding, Pemohon Banding telah menjelaskan pada saat penyampaian Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan dan Pemohon Banding juga telah menunjukkan bahwa pada Form Kartu Stok tersebut tertulis batubara titipan (milik orang lain);

Bahwa sesuai dengan informasi dari penyewa stockpile Pemohon Banding, pada saat proses pengajuan keberatan Terbanding telah melakukan konfirmasi kepada pihakpihak yang menitipkan batubara kepada Pemohon Banding;

Bahwa berdasarkan hal tersebut di atas maka Pemohon Banding tidak setuju atas koreksi Peredaran Usaha sebesar Rp 2.531.933.929,00;
Bahwa sebagai bahan pertimbangan Pemohon Banding lampirkan bukti pendukung berupa :

1. Rincian Pengiriman Batubara milk PT BBB dan PT AAA ke Stockpile PT. XXX;
2. Kartu Stock (Stock Level) atas nama PT BBB dan PT AAA
3. Invoice Sewa Stockpile dari PT Energi Utama untuk PT BBB dan PT AAA;
4. Sample Delivery Order (perintah pengiriman dari PT BBB);

Harga Pokok Penjualan :
Bahwa rincian koreksi tersebut sebagai berikut :
(sumber : Dasar Koreksi Lampiran PHP-06/WPJ.09/KP.0105/RIKSIS/2010);
Pembelian Batu Bara :
Bahwa Terbanding tidak mengakui jumlah pembelian batu bara sebesar Rp 105.041.500,00, jumlah pembelian batu bara tersebut benar adanya, sesuai dengan apa yang dilaporkan dalam SPT Tahunan, transaksi ini adalah pembelian dari :

Bahwa sebagai bahan pertimbangan, Pemohon Banding lampirkan bukti pendukung berupa bukti pembayaran sebagai berikut :

• Tanggal 8 Maret 2006 ZZZ Rek. 4391 bayar kepada PT. CCC sebesar Rp 39.691.600,00;
• Tanggal 6 Februari 2006 ZZZ Rek. 1684 bayar kepada PT. CCC sebesar Rp 5.622.500,00;
• Tanggal 21 Maret 2006 ZZZ Rek. 4391 bayar kepada PT. DDD sebesar Rp 8.962.200,00;
• Tanggal 22 Maret 2006 ZZZ Rek. 53535 BG YK 167187 PT. DDD sebesar Rp 40.000.000,00;

Biaya Langsung :
Bahwa rincian koreksi biaya langsung tersebut sebagai berikut :

Bahwa koreksi berdasarkan rekapitulasi buku besar biaya-biaya tersebut dan dokumen pendukungnya. (Sumber : Dasar Koreksi Lampiran PHP-06/WPJ.09/ KP.0105/RIKSIS/2010);
Bahwa Pemohon Banding tidak setuju dengan koreksi Terbanding tersebut karena biaya tersebut merupakan biaya untuk mendapatkan, menagih dan memelihara penghasilan yang seharusnya dapat diperhitungkan sebagai Pengurang Penghasilan Bruto dalam menentukan besarnya Penghasilan Kena Pajak sesuai dengan Pasal 6 ayat 1 huruf a Undang-Undang Pajak Penghasilan Nomor 10 Tahun 1994;

Biaya Tongkang sebesar Rp 1.039.649.609,00 secara faktual ada Bahwa sebagai bahan pertimbangan Pemohon Banding lampirkan fotokopi rekening koran dan bukti pembayaran berupa struk bilyet giro dengan rincian sebagai berikut :

• Tanggal 28 Februari 2006 ZZZ Rek. 53535 BG YJ 223524 untuk Mr. KKK sebesar Rp203.600.000,00;
• Tanggal 21 Februari 2006 ZZZ Rek. 53535 BG YJ 223517 JJJ sebesar Rp127.025.000,00;
• Tanggal 26 Pebruari 2006 ZZZ Rek. 53535 BG YJ 223522 JJJ sebesar Rp107.355.000,00;
• Tanggal 05 Juni 2006 ZZZ Rek. 55554 BG YJ 601310 untuk SSS sebesar Rp64.902.300,00;
• Tanggal 12 Juni 2006 ZZZ Rek. 58356 BG YJ 167233 untuk PT. WWW sebesar Rp400.000.000,00;
• Tanggal 20 November 2006 ZZZ Rek. 55554 BG YJ 99237 untuk SSS sebesar Rp137.226.080,00 Jumlah Biaya Tongkang Rp1.040.108.380,00;

selisih Rp458.711,00 adalah karena selisih tonase;

Ongkos Bongkar Muat Barang sebesar Rp 69.406.788,00 secara faktual ada :
Bahwa sebagai bahan pertimbangan Pemohon Banding lampirkan fotokopi rekening koran dan bukti pembayaran berupa struk bilyet giro dengan rincian sebagai berikut :

Bahwa Ongkos Bongkar Muat Sebesar Rp69.406.788,00 termasuk bagian dalam pembayaran dari ke 3 (tiga) Bukti tersebut;
Biaya Loader sebesar Rp 34.102.500,00 secara faktual ada :
Bahwa sebagai bahan pertimbangan Pemohon Banding lampirkan fotokopi rekening koran dan bukti pembayaran berupa struk Bilyet giro dengan rincian sebagai berikut :

Bahwa pembayaran untuk biaya loader Rp 34.102.500,00 bisa Pemohon Banding buktikan;
Biaya Usaha Lainnya :

Bahwa sesuai dengan penjelasan pada Lampiran PHP-06/WPJ.09/KP.0105/RIKSIS/2010 No. Urut 2 mengenai Harga Pokok Penjualan yang dikoreksi diketahui bahwa biaya tersebut direklas ke Biaya Usaha Lainnya oleh Terbanding, Pemohon Banding setuju atas reklas biaya tersebut menjadi biaya usaha lainnya;

Persediaan Akhir Batu Bara :

Bahwa selisih tersebut tidak Pemohon Banding terima, karena menurut Pemohon Banding perhitungan fisik akhir tahun 2006 menggunakan pencatatan persediaan FIFO dimana :

• Pembelian batubara GCV 5400 Rp275.000,00 terakhir per 20 Desember 2006 dari PT Titan;
• Pembelian batubara GCV 6300 Rp280.000,00 terakhir dibulan 25 April 2006 dari PT Citra;
• Ditambah perhitungan biaya sejumlah Rp6.966.572.196,00 dibagi Rp59.603,00 sehingga menjadi Rp116.882,00 per tonase untuk setiap spesifikasi batubara;

Bahwa sehingga penilaian persediaan batubara per 31 Desember 2006 menjadi :
GCV 5400: ( Rp275.000 + Rp116.882 ) x 667.83,- MT = Rp 261.710.596,00
GCV 6300: ( Rp280.000 + Rp116.882 ) x 273.70,- MT = Rp 108.626.603.00
Total Persediaan 31 Desember 2006 Rp 370.337.159,00

Bahwa sesuai dengan uraian di atas, menurut Pemohon Banding jumlah Pajak Penghasilan Badan yang kurang dibayar adalah nihil dengan perincian sebagai berikut :


Menimbang, bahwa amar Putusan Pengadilan Pajak Nomor Put-38993/PP/M.XIII/15/2012, tanggal 28 Juni 2012 yang telah berkekuatan hukum tetap tersebut adalah sebagai berikut:

• Menyatakan membatalkan Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-583/WPJ.09/BD.06/2011 tanggal 29 Maret 2011, tentang keberatan atas Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Pajak Penghasilan Badan Tahun Pajak 2006 Nomor 00027/206/06/428/10 tanggal 28 Januari 2010, atas nama: PT. XXX, NPWP: 02.244.621.5-428.000, alamat di Jl. Jalan DDD No.YY, Gegerkalong, Kota Bandung 40xxx.

Menimbang, bahwa sesudah putusan yang telah mempunyai kekuatan hukum tetap yaitu Putusan Pengadilan Pajak Nomor Put-38993/PP/M.XIII/15/2012, tanggal 28 Juni 2012, diberitahukan kepada Pemohon Peninjauan Kembali pada tanggal 27 Juli 2012, kemudian terhadapnya oleh Pemohon Peninjauan Kembali dengan perantaraan kuasanya berdasarkan Surat Kuasa Khusus Nomor SKU-1553/PJ./2012, tanggal 11
Oktober 2012, diajukan permohonan peninjauan kembali secara tertulis di Kepaniteraan Pengadilan Pajak pada tanggal 15 Oktober 2012, sebagaimana ternyata dari Akta Permohonan Peninjauan Kembali Nomor PKA-1559/SP.52/AB/X/2012, dengan disertai alasan-alasannya yang diterima di Kepaniteraan Pengadilan Pajak tersebut pada tanggal 15 Oktober 2012 ;

Menimbang, bahwa tentang permohonan peninjauan kembali tersebut telah diberitahukan kepada pihak lawan dengan saksama pada tanggal 21 Mei 2013, kemudian terhadapnya oleh pihak lawannya diajukan Jawaban yang diterima di Kepaniteraan Pengadilan Pajak tersebut pada tanggal 04 Juni 2013;

Menimbang, bahwa permohonan peninjauan kembali a quo beserta alasan-alasannya telah diberitahukan kepada pihak lawan dengan saksama, diajukan dalam tenggang waktu dan dengan cara yang ditentukan oleh Undang-Undang Nomor 14 Tahun 1985 tentang Mahkamah Agung sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 5 Tahun 2004 dan perubahan kedua dengan Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2009, juncto Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak, maka permohonan peninjauan kembali tersebut secara formal dapat diterima;


Menimbang, bahwa Pemohon Peninjauan Kembali telah mengajukan alasan Peninjauan Kembali yang pada pokoknya sebagai berikut:

1. Bahwa Pemohon Peninjauan Kembali (semula Terbanding) sangat keberatan dengan pertimbangan Majelis Hakim Pengadilan Pajak, yang antara lain berbunyi sebagai berikut :
   Halaman 35 alinea ke -2 s.d. 4 :
   "Bahwa berdasarkan hal-hal tersebut, Majelis berpendapat jika dihitung dari saat surat keberatan Pemohon Banding diterima Terbanding pada tanggal 10 Maret 2010 sampai dengan saat keputusan Terbanding Nomor KEP-583/ WPJ.09/BD.06/2011 diterbitkan tanggal 29 Maret 2011, maka telah melampaui jangka waktu 12 bulan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 26 ayat (1) Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1983 tentang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2000;
   "Bahwa sesuai dengan ketentuan Pasal 26 ayat (5) Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1983 tentang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2000, maka permohonan Pemohon Banding harus dikabulkan ;
   ”Bahwa berdasarkan hal-hal tersebut diatas, Majelis berkesimpulan bahwa terdapat cukup alasan untuk menerima permohonan banding Pemohon Banding, dan keputusan Terbanding Nomor KEP-583/WPJ.09/BD.06/2011 tanggal 29 Maret 2011 harus dibatalkan ;
2. Bahwa Pasal 69 ayat (1) Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak (selanjutnya disebut dengan Undang-Undang Pengadilan Pajak) menyebutkan sebagai berikut :
   Pasal 69 ayat (1) :
   ”Alat bukti dapat berupa :
   

   a	Surat atau tulisan ;
   b	Keterangan ahli ;
   c	Keterangan para saksi ;
   d	Pengakuan para pihak ; dan/atau
   e	Pengetahuan Hakim ;

   Kemudian dalam penjelasan Pasal 69 ayat (1) menyebutkan bahwa ”Pengadilan Pajak menganut prinsip pembuktian bebas. Majelis atau Hakim tunggal sedapat mungkin mengusahakan bukti berupa surat atau tulisan sebelum menggunakan alat bukti lain” ;
3. Bahwa Pasal 76 Undang-Undang Pengadilan Pajak menyebutkan bahwa ”Hakim menentukan apa yang harus dibuktikan, beban pembuktian besertapeilaian pembuktian dan untuk sahnya pembuktian diperlukan paling sedikit 2 (dua) alat bukti sebagaimana dimaksud dalam Pasal 69 ayat (1) ;
   Kemudian dalam memori penjelasan Pasal 76 alinea 1 dan 2 menyebutkan bahwa ”Pasal ini memuat ketetuan dalam rangka menentukan kebenaran materiil, sesuai dengan asas yang dianut dalam Undanga-Undang Perpajakan ;
   Ole karena itu, Hakim brupaya untuk menentukan apa yang harus dibuktikan, beban pembuktian, penilaian yang adil bagi para pihak dan sahnya bukti dari fakta yang terungkap dalam persidangan, tiak terbatas pada fakta dan hal-hal yang diajukan oleh para pihak” ;
4. Bahwa Pasal 78 Undang-Undang Pengadilan Pajak menyebutkan bahwa ”Putusan Pengadilan Pajak diambil berdasarkan hasil penilaian pembuktian, dan berdasarkan peraturan perundang-undangan perpajakan yang bersangkutan, serta berdasarkan keyakinan Hakim” ;
   Kemudian dalam memori penjelasan Pasal 78 menyebutkan bahwa ”Keyakinan Hakim didasarkan pada penilaian poembuktian dan sesuai dengan peraturan perundang-undangan perpajakan” ;
5. Bahwa Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1983 tentang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan sebagaimana telah diubah terakhir dengan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2009 (selanjutnya disebut dengan Undang-Undang KUP) menyatakan :
   Pasal 25 ayat (1) :
   Wajib Pajak dapat mengajukan keberatan hanya kepada Direktur Jenderal Pajak atas suatu :
   

   a	Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar ;
   b	Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Tambahan ;
   c	Surat Ketetapan Pajak Nihil;
   d	Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar; atau
   e	Pemotongan atau pemungutan pajak oleh pihak ketiga berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan perpajakan ;

   Pasal 25 ayat (2) :
   Keberatan diajukan secara tertulis dalam bahasa Indonesia dengan mengemukakan jumlah pajak yang terutang, jumlah pajak yang dipotong atau dipungut, atau jumlah rugi menurut penghitungan Wajib Pajak dengan disertai alasan yang menjadi dasar penghitungan ;
   Pasal 25 ayat (3) :
   Tanda penerimaan surat keberatan yang diberikan oleh pegawai Direktorat Jenderal Pajak yang ditunjuk untuk menerima surat keberatan atau 'tende pengiriman surat keberatan melalui pos dengan bukti pengiriman surat, atau melalui cara lain yang diatur dengan atau berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan menjadi tanda bukti penerimaan surat keberatan ;
   Pasal 26 ayat (5) :
   Direktur Jenderal Pajak dalam jangka waktu paling lama 12 (dua belas) bulan sejak tanggal surat keberatan diterima harus memberi keputusan atas keberatan yang diajukan ;
6. Bahwa Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia Nomor 194/PMK.03/2007 tentang Tata Cara Pengajuan dan Penyelesaian Keberatan, menyatakan :
   Pasal 4 ayat (1) :
   Pengajuan keberatan yang dituangkan dalam bentuk surat keberatan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2 harus memenuhi syarat sebagai berikut :
   

   a	Diajukan secara tertulis dalam bahasa Indonesia;
   b	Mengemukakan jumlah pajak yang terutang atau jumlah pajak yang dipotong atau dipungut atau jumlah rugi menurut penghitungan Wajib Pajak dengan disertai alasan- alasan yang menjadi dasar penghitungan;
   c	1 (satu) surat keberatan diajukan hanya untuk 1 (satu) surat ketetapan pajak, untuk 1 (satu) pemotongan Pajak, atau untuk 1 (satu) pemungutan pajak.
   d	Wajib Pajak telah melunasi pajak yang masih harus dibayar paling sedikit sejumlah yang telahdisetujui Wajib Pajak dalam pembahasan akhir hasil pemeriksaan;
   e	Diajukan dalam jangka waktu 3 (tiga) bulan sejak tanggal dikirim surat ketetapan pajak atau sejak tanggal pemotongan atau pemungutan pajak oleh pihak ketiga kecuali Wajib Pajak dapat menunjukan bahwa jangka waktu tersebut tidak dapat dipenuhi karena keadaan di luar kekuasaan wajib Pajak (force majeur) ; dan
   f	Surat keberatan ditandatangani oleh Wajib Pajak, dan dalam hal surat keberatan ditandatangani oleh bukan Wajib Pajak, surat keberatan tersebut harus dilampiri dengan surat kuasa khusus ;

   Pasal 4 ayat (2) :
   Dalam hal surat keberatan yang disampaikan oleh Wajib Pajak belum memenuhi persyaratan sebagaimana dimaksud pada ayat (1) huruf a, huruf b, huruf c, huruf d, atau huruf t, Wajib Pajak dapat menyampaikan perbaikan surat keberatan dengan melengkapi persyaratan yang belum dipenuhi sebelum jangka waktu 3 (tiga) bulan sebagaimana dimaksud pada ayat (1) huruf e terlampaui ;
   Pasal 4 ayat (3) :
   Dalam hal wajib Pajak menyampaikan perbaikan surat keberatan sebagaimana dimaksud pada ayat (2), tanggal penyampaian perbaikan surat keberatan merupakan tanggal surat keberatan diterima ;
7. Bahwa Surat Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-583/WPJ.09/BD.06/2011 tanggal 29 Maret 2011 tentang keberatan atas Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Pajak Penghasilan Badan Tahun Pajak 2006 Nomor 00027/206/06/428/10 tanggal 28 Januari 2010 adalah merupakan surat keputusan keberatan yang merupakan jawaban atas surat permohonan keberatan Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) Nomor 05/DEU/Pjk-Bjn/Il/2010 tanggal 08 Maret 2010 yang diterima oleh Pemohon Peninjauan Kembali (semula Terbanding) tanggal 13 April 2010 sesuai dengan tanda terima dokumen berupa Lembar Pengawasan Arus Dokumen (LPAD) No.PEM:01000696/428/apr/2010 tanggal 13 April 2012 ;
8. Bahwa isi Surat Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-583/J.09/BD.06/2011 anggal 29 Maret 2011 tersebut adalah menolak permohonan keberatan Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) dengan perhitungan sebagai berikut:

   Uraian	Semula (Rp)	Dikurangkan (Rp)	Menjadi (Rp)
   Penghasilan Neto	3.960.285.984	0	3.960.285.984
   Kompensasi Kerugian	251.249.816	0	251.249.816
   Penghasilan Kena Pajak	3.709.036.168	0	3.709.036.168
   PPh Terhutang	1.095.210.800	0	1.095.210.800
   Kredit Pajak	0	0	0
   PPh Kurang/(Lebih) Bayar	1.095.210.800	0	1.095.210.800
   Sanksi Administrasi	525.701.184	0	525.701.184
   Jumlah yang masih harus dibayar	1.620.911.984	0	1.620.911.984

9. Bahwa terhadap Surat Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-583/WPJ.09/BD.06/2011 tanggal 29 Maret 2011 tersebut, Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) mengajukan banding dengan alasan materi (tidak ada alasan formal penerbitan) sebagai berikut :
   Pemohon Banding tidak setuju dengan koreksi tersebut karena temuan jumlah tonase yang dikemukakan oleh Terbanding berdasarkan arus barang dan kartu stock secara faktual memang ada, akan tetapi transaksi tersebut bukan milik Pemohon Banding, transaksi tersebut merupakan barang titipan (milik orang lain) yang berada di Stokpile Pemohon Banding di Palimanan - Cirebon, dan telah diperhitungkan dalam bentuk pendapatan sewa stokpile sebesar Rp43.644.410,00 (empat puluh tiga juta enam ratus empat puluh empat ribu empat ratus sepuluh Rupiah) yang telah dibukukan oleh Pemohon Banding sebagai "Hasil Persewaan Area Stockpile" pada Laporan Laba Rugi Tahun 2006 ;
10. Bahwa kemudian dalam persidangan, Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) mengemukakan bahwa terdapat sengketa formal penerbitan keputusan yang penerbitannya melampaui jangka waktu 12 bulan sebagaimana dimaksud Pasal 26 ayat (1) Undang-Undang KUP, dengan alasan sebagai berikut :
• Bahwa Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar Pajak Penghasilan Badan tanggal Penerbitan 28 Januari 2010 telah diajukan Keberatan oleh Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) dengan Surat Nomor 05/DEU/Pjk-Bjn/l1/2010 tanggal 08 Maret 2010 dan diterima Pemohon Peninjauan Kembali (semula Terbanding) dengan Bukti Penerimaan Surat Nomor PEM:01 000363 \428\mar\2010 tanggal 10 Maret 2010 ;
• Bahwa sebagai tindak lanjut Permohonan keberatan tersebut, pada tanggal 17 Maret 2010 Pemohon Peninjauan Kembali (semula Terbanding) melaiui Surat Nomor S-092/WPJ.09/KP.0110/2010 menyampaikan perihal: Pemberitahuan Permohonan Keberatan Telah Memenuhi Persyaratan Formal;
11. Bahwa atas pernyataan Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) tersebut, Pemohon Peninjauan Kembali (semula Terbanding) tanggapi dalam persidangan sebagai berikut:
1. Bahwa surat keberatan Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) yang diterima Pemohon Peninjauan Kembali (semula Terbanding) pada tanggal 10 Maret 2010 dengan LPAD No.PEM:01000363\428\mar\2010 adalah tidak memenuhi ketentuan formal karena surat keberatan tersebut tidak ditandatangani oleh Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding);
2. Bahwa untuk membuktikan bahwa surat tersebut tidak memenuhi ketentuan formal, Pemohon Peninjauan Kembali (semula Terbanding) dalam persidangan telah menyampaikan bukti berupa:
• Surat keberatan Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) Nomor: 05/DEU/Pjk-Bjn/ll/2010 tanggal 08 Maret 2010 yang yang diterima Pemohon Peninjauan Kembali (semula Terbanding) dengan Bukti Penerimaan Surat Nomor PEM:01000363\428\mar\2010 pada tanggal 10 Maret 2010 yang belurn ditandatangani oleh Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding);
• Surat Kepala Kantor Wilayah Jawa Barat I Nomor S-101/WPJ.09/BD.0603/2010 tanggal 26 Maret 2010 perihal Pengembalian Berkas Keberatan atas nama Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding). Dalam surat tersebut dinyatakan bahwa surat keberatan Nomor 05/DEU/Pjk-Bjn/ll/2010 tanggal 08 Maret 2010 yang yang diterima Pemohon Peninjauan Kembali (semula Terbanding) pada tanggal 10 Maret 2010 tidak ditandatangani oleh Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) atau kuasa Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding), sehingga surat keberatan Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) tersebut tidak dipertimbangkan;
• Bahwa kemudian Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) kembali mengajukan permohonan keberatan dengan surat permohonan keberatan yang kedua (perbaikan) dengan nomor ataupun tanggal surat yang sama yaitu Nomor 05/DEU/Pjk-Bjn/ll 11201 0 tanggal 08 Maret 2010. Surat permohonan keberatan kedua (perbaikan) tersebut telah ditandatangani oleh Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding) dan diterima Pemohon Peninjauan Kembali (semula Terbanding) dengan Bukti Penerimaan Surat berupa Lembar Pengawasan Arus Dokumen (LPAD) Nomor PEM:01000696\428\apr\2010 tanggal 13 April 2010 ;
• Bahwa untuk membuktikan adanya pengajuan kembali surat permohonan keberatan yang kedua (perbaikan) oleh Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding), Pemohon Peninjauan Kembali (semula Terbanding) dalam persidangan telah menyampaikan bukti berupa:

  1)	Surat keberatan Nomor 05/DEU/Pjk-Bjn/II/2010 tanggal 08 Maret 2010 yang telah ditandatangani oleh Termohon Peninjauan Kembali (semula Pemohon Banding);
  2)	Lembar Pengawasan Arus Dokumen (LPAD) No.PEM:01000696/ 428/Apr/2010 tanggal 13 April 2012;